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비단뱀과 알

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[R] 네임스페이스 어쩌고 오류 메모 네임스페이스 ‘~~~’는 ‘???’에 의하여 불러들여 왔으나 로드를 할 수는 없습니다 혹은 Error in unloadNamespace(package) : namespace ‘~~~’ is imported by ‘???’ so cannot be unloaded 예) 네임스페이스 ‘sctransform’는 ‘Seurat’에 의하여 불러들여 왔으나 로드를 할 수는 없습니다 작업물이 아깝지만 그냥 몸과 마음을 차분히 갖고 커널 재시작하면 해결된다.
[R, tidyverse] Rstudio 기본 설정과 tidyverse 로딩 뭐라도 하기 싫은 날이 또 돌아왔습니다. 1. R을 켜보자 에디터(편집기)로는 R studio를 쓸 겁니다. https://posit.co/download/rstudio-desktop/ Posit The best data science is open source. Posit is committed to creating incredible open-source tools for individuals, teams, and enterprises. posit.co VScode나 Jupyter notebook을 쓸 수도 있지만 보시는 분들이 코딩 자체를 처음 접하시는 분들이라고 가정하고 그냥 편하고 좋은 거 쓰겠습니다. 또한 위 공식 사이트에서 운영하는, 설치 없이 쓸 수 있는 클라우드 버전도 존재는 합니다만 성..
[R] tidyverse 패키지 입문 : R이 뭔디 일하기 싫습니다. 그래서 문득 제가 실시간으로 멍때리면서 쳐다보고 있는 이 R에 대해서 좀 끄적여 보려고 합니다. 0. R이 뭐임? 사실 여기까지 오셔서 이 글을 읽고 계신 정도면 정말로 R이 뭔지 몰라서 오신 분들은 거의 없을 것 같아요. R은 통계분석 및 그래프 그리기에 특화된 프로그래밍 언어입니다. https://www.r-project.org/ R: The R Project for Statistical Computing www.r-project.org 특징으로는, 필요한 기능이 담긴 패키지를 설치한 후 로딩해서 구동되는 방식입니다. R studio 라는, 굉장히 잘 만들어진 편집기가 존재합니다. 또한 이미 파이썬 등을 접해보신 분들께서는 '아나콘다(Anaconda)' 라는 것에 좀 익숙하실텐데, ..
[R] Signac / Seurat ; Single Cell RNA-ATAC Joint Analysis 소개 및 패키지 설치 오류 몇 가지 보호되어 있는 글입니다.
[Python] 기본적인 Sequence (2) : Dictionary(딕셔너리)와 Tuple(튜플) 정확히 말하면 딕셔너리 자체는 시퀀스라고 할 수는 없지만 그냥 제목 편의상 그렇다고 치자. 1. Dictionary 사전을 쓰는 법은 우리 다 알 것 같다. 키워드를 열심히 뒤적거리면 옆에 설명이 나와 있는 식이다. 파이썬의 딕셔너리를 딕셔너리라고 부르는 이유는 이러한 방식을 채택하기 때문이다. 사전의 기본 구조는 키-값 페어 구조다. ex={} ex #> {} Brace(i. e. 중괄호)는 이 딕셔너리 타입을 지정한다. 항목을 추가하는 방법은 다음과 같다. ex['key']='value' ex #> {'key': 'value'} 혹은 직접 입력하는 것도 가능하다. ex={"Terrapin":"Handsome", "Hight":183, "Head":"Trash-garbage"} ex #> {'Terra..
[Python] 기본적인 Sequence (1) : String(문자열)과 List(리스트) 프로그래밍에서 중요한 여러가지 도구들에 대해 간단히 정리를 해보자. 시퀀스(Sequence)는 값들의 정렬이다. 대충 벡터 비슷한 걸 생각하면 된다. 아래의 스트링, 리스트, 튜플 등이 시퀀스의 예시다. 1. String, 문자열 ex='GreatHandsomeTerrapin' type(ex) #> str 훌륭한 스트링이다. 인덱스. 첫번째 글자부터 0, 1, ...이다. ex[0] #> 'G' 글자의 꼬리쪽에 붙어있는 순서는 -1, -2, ... 로 센다. ex[-1] #> 'n' 인덱스는 정수여야만 한다. ex[5.5] #> TypeError: string indices must be integers 범위 지정도 당연히 된다. '문자열 슬라이스' 라고 하는 교재도 있는 것으로 안다. ex[0:10] ..
[Python] Incremental development, 점진적 개발 크리스마스 이브면서 토요일인데 난 왜 할 일이 많은 걸까. 파이썬에서 함수 짜는 과정은 큰 것부터 작은 것으로 들어가는 게 편하다. 일단 목적하는 밑그림을 설계해 두고, 필요한 부품들을 조금씩 채워 나가는 것이다. 이러한 방식을 'Incremental development' 라고 부른다. 입문 시 원하는 일을 설계하면서 뇌정지가 오는 상황을 막을 수 있다. 예를 들면, https://wiki.mathnt.net/index.php?title=%EB%9D%BC%EB%A7%88%EB%88%84%EC%9E%94%EA%B3%BC_%ED%8C%8C%EC%9D%B4 라마누잔과 파이 - 수학노트 개요 라마누잔은 1914년에 다음과 같은 공식을 발표 [RAM1914]\[\frac{1}{\pi}= \frac{2\sqrt2..
[Python / R] 기본 연산자와 함수 필자 개인적으로 R을 많이 사용하므로 양쪽의 코드를 비교하는 방식으로 메모 1. 기초 연산자 (base) 거듭 제곱 6**2 #> 36 R 등에서의 거듭제곱 오퍼레이터인 ' ^ ' 는 파이썬에서는 비트 연산자임. 6^2 #> 4 타입 type(2) #> type(1.2) #> type('1.2') #> R에서는 클래스 class(2) #> "numeric" class(1.2) #> "numeric" class('1.2') #> "character" 파이썬에서 콤마는 시퀀스를 생성(콤마로 구분된 정수) 1,000,000 #> (1, 0, 0) R에서는 에러 1,000,000 #> Error: unexpected ',' in "1," 파이썬이든 R이든 변수 이름 첫글자는 숫자 안됨 100friends='in..